Franciscus was een zoon van Petrus van Bernardone, een welgestelde lakenkoopman uit Assisi, die op het moment van zijn geboorte voor zaken in Frankrijk was. Zijn moeder gaf hem de naam Giovanni (Johannes). Zijn vader maakte daar bij thuiskomst Francesco, ‘Fransman’, van. Het kan ook zijn dat hij die bijnaam pas later kreeg omdat zijn vader hem meer dan eens naar Frankrijk stuurde om handel te drijven. Na een veldslag tussen zijn geboorteplaats Assisi en de stad Perugia in 1202 werd Franciscus krijgsgevangen. Hij was toen ongeveer 20 jaar oud. Na een jaar kwam hij vrij maar was daarop lang en ernstig ziek. Weer aan de beterende hand werd Franciscus bijzonder getroffen door het leed van de melaatsen, die in zijn tijd volledig uit de samenleving werden verstoten. Volgens zijn Testament bracht God hem in hun midden en bewees hij hun barmhartigheid. Naar aanleiding daarvan bekeerde hij zich tot een leven van armoede, gebed en dienstbaarheid aan de armen, ontevreden over de leegheid van zijn leven. Later, in 1205 kreeg hij een visioen in het kerkje van Dan Damiano. Hij wist zich aangesproken door de daar afgebeelde Gekruisigde: ‘Franciscus, ga en herstel mijn huis’. Hij trok zich als een kluizenaar terug in de eenzaamheid en wijdde zich aan de melaatsen, het herstellen van kerkjes en aan het gebed. Zelf wilde hij de allerarmste zijn. Hij bedelde zijn dagelijks voedsel bij elkaar, daarvan delend met anderen die nog minder hadden dan hij. Vanaf dat moment werd zijn enige geliefde ‘Vrouwe Armoede’. Zijn vader, die van mening was dat zijn zoon tot de rang van dorpsgek was vervallen, probeerde hem met dreiging en verleiding terug te laten keren naar een werelds leven. Uiteindelijk legde Franciscus in de lente van 1205 tijdens een scène op het plein bij de bisschop zijn kleren aan de voeten van zijn vader (die ze immers had betaald) en wijdde zich toe aan God met de woorden: “Nu kan ik werkelijk zeggen: Onze Vader in de hemel”, waarop de bisschop zijn mantel om hem heen sloeg.
Toen Bernardus van Quintavalle en Petrus Catani zich in 1208 bij Franciscus wilden aansluiten, raadpleegden zij met zijn drieën het evangelieboek van de kerk van Sint Nicolaas om te ontdekken hoe hun leven eruit moest zien. Zij stuitten daarbij op drie teksten:
1 “Als je onverdeeld goed wilt zijn: ga alles verkopen wat je hebt en geef het aan de armen en je zult een schat in de hemel hebben. Kom dan om mij te volgen” (Mt. 19,21).
2. “Neem niets mee voor onderweg, geen stok, geen reistas, geen brood en geen geld, en ook geen extra kleren” (Lc. 9,3).
3. “Wie achter mij aan wil komen, moet zichzelf verloochenen en dagelijks zijn kruis opnemen en mij volgen” (Mt. 16,24).
Dat is wat zij vervolgens naar vermogen deden, en daarmee was de franciscaanse beweging begonnen. In hetzelfde jaar 1208 gaf de abt van het Benedictusklooster op de Monte Subasio het kerkje van Portiuncula in het dal bij Assisi in bruikleen aan Franciscus om het tot het centrum van zijn nieuwe beweging te maken.
Franciscus was de belichaming van een nieuw persoonlijk gekleurd soort vroomheid binnen het christendom, waarbij de ontwikkeling van het individu en diens persoonlijke gaven en talenten van grote betekenis waren. Tegelijk hechtte hij grote waarde aan het behoren tot een groep gelijkgezinde gezellen, een broederschap, waarin men in elkaars noden en behoeften kan voorzien. Franciscus schreef aan het einde van zijn leven een lofzang op de natuur, het Zonnelied. Hierin bezingt hij ‘de dingen van de hemel’ – broeder zon en zuster maan en de sterren -, ‘de dingen van de aarde’ of de vier elementen – broeder wind en zuster water, broeder vuur en zuster aarde -, en ten slotte de levensweg van de mens. Franciscus zag het op zich nemen van wat het leven te dragen geeft als een van de manieren om dichter bij Christus te komen. Wanneer hij opmerkte ‘draag uw kruis’, bedoelde hij ‘neem uw lot op u’, ‘draag uw deel van het lijden’. Franciscus wees niet alleen het lijden niet af, hij hechtte ook grote waarde aan de natuur, die hij een prachtige weergave vond van hoe de Schepper voor ons zijn wil, en ons draagt en in leven houdt. Dat gebeurt door de afwisseling van ieder weer zoals Franciscus in zijn Zonnelied zingt.
Rond 1219-1220 ontstonden er problemen in de broederschap. Franciscus, die in het Midden-Oosten verbleef, keerde daarom terug naar Italië en legde het ambt van minister-generaal van de broederschap neer. Petrus Catani volgde hem op. Franciscus schreef intussen een nieuwe regelredactie, waarbij hij naar eigen zeggen van de vele kruimels één hostie wilde maken (met andere woorden: hij maakte er een meer geordend geheel van). Op 29 november 1223 werd de nieuwe orderegel door paus Honorius III met een pauselijke bul bekrachtigd. Op 24 september 1224 ontving Franciscus de stigmata. In de winter of lente daarna zong hij voor het eerst zijn bekende Zonnelied. Hij stierf op de avond van 3 oktober 1226. Op 16 juli 1228 wordt hij door paus Gregorius IX heilig verklaard.